7

Допустим, в некоторой популяции поддерживаются частоты аллелей в локусах A и B: $p_A=0.6, q_a=0.4;$ $p_B=0.6, q_b =0.4;$ При этом гаплотипы, несущие эти аллели, встречаются со следующими частотам:

$P_{AB}=0.45;$ $P_{ab}=0.25;$ $P_{Ab}=0.15;$ $p_{aB}=0.15.$ Рассчитайте значение $r^2$ для локусов A и B. Округлите ответ до сотых. При расчёте пользуйтесь обобщенной формулой для $D$, которая учитывает частоты всех гаплотипов.

import pandas as pd
import numpy as np
import dnds as dn

Решение:

pA=0.6
qa=0.4
pB=0.6
qb=0.4

PAB=0.45
Pab=0.25
PAb=0.15
PaB=0.15
D=PAB*Pab-PAb*PaB
zn=pA*pB*qa*qb
rsq = D**2/zn
print(rsq)

0.140625

answer: 0.14