8

Допустим, вы исследовали фрагмент последовательности белок-кодирующего гена X у представителей двух эволюционных групп. Результаты попарного выравнивания приведены на рисунке:

Рассчитайте значение dN/dSdN/dS, руководствуясь соображениями, изложенными в предыдущем фрагменте, и моделью Джукса-Кантора (JC). Округлите ответ до сотых.

Внимание! Логика расчета, описанная в видео на предыдущем шаге, предполагает, что одна из последовательностей принимается за референсную, относительно которой рассчитывается число возможных замен (то есть, число синонимичных и несинонимичных сайтов). В рамках расчетов в этой задаче используйте в качестве референса первую (верхнюю) последовательность.

import pandas as pd
import numpy as np
import dnds as dn

gcode = { 
    'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 
    'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 
    'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 
    'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
    'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 
    'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P', 
    'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 
    'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R', 
    'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 
    'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A', 
    'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 
    'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G', 
    'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 
    'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L', 
    'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'*', 'TAG':'*', 
    'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'*', 'TGG':'W'
}

seq1 = ['ATT','AGT','CGT','TCA','TCC']
seq2 = ['ATT','AGA','CGT','TCC','TCC']
sequence1= 'ATTAGTCGTTCATCC'
sequence2= 'ATTAGACGTTCCTCC'

diff = 0.00795
se = 0.00170
z=diff/se
r=z
print(r)
words = ["sofa", "suitcase", "valise", "picture", "basket", "carton", "doggie"]
list(map(lambda w: sorted(w)[0], words))[5]

4.676470588235294

'a'

res = dn.dnds(sequence1, sequence2)
print(res)

0.34054648454412384